《辦法》完善了規劃設置及行業布局。生豬屠宰廠（場）按照國家規定實行定點許可制度，對其他畜禽屠宰廠（場）沒有變相設立行政許可或者審批，而是依據動物防疫法等法律、法規明確了具體條件和要求，既督促其依法經營，又不會影響市場活力。在有活禽交易的市場內為消費者提供屠宰服務的，市場開辦者應當劃定活禽交易區域，并符合動物防疫、衛生、消毒等國家相關規定。經營業主應當在指定的活禽交易區域內進行屠宰。活禽交易區域應當與市場其他區域相對隔離。
《辦法》建立了畜禽屠宰環節全過程管理制度。明確了進廠（場）查驗制度、出廠（場）記錄制度、質量管理規范和品質檢驗制度以及問題產品報告、召回制度等，使畜禽屠宰廠（場）內部質量管理制度更加完善。
《辦法》同時建立了畜禽屠宰環節疫病防控制度，明確依法向屠宰場派駐（出）官方獸醫實施屠宰檢疫。同時，對官方獸醫按照屠宰檢疫規程對動物及動物產品實施檢疫和對疑似染疫動物及動物產品處理等情況進行了細化。另外，還明確了屠宰廠（場）的疫病防控主體責任。
強化監督管理和法律責任追究，《辦法》明確了畜禽屠宰廠（場）風險分級管理制度、信息通報制度、追溯協作制度、舉報制度等；參照食品安全法、生豬屠宰管理條例等法律、法規，加大畜禽屠宰違法行為的懲處力度。畜禽屠宰廠（場）有下列情形之一的，由縣級以上政府畜牧獸醫主管部門處1萬元以上5萬元以下罰款，對其法定代表人處5000元以上1萬元以下罰款：未按照規定建立畜禽進廠（場）查驗登記制度、畜禽產品出廠（場）記錄制度的；未按照國家規定的操作規程和技術要求屠宰畜禽的；未按照規定建立并遵守肉品品質檢驗管理制度的；未按照規定進行違禁藥物和非法添加物檢測的。
違反本辦法規定，畜禽屠宰廠（場）有下列情形之一的，由縣級以上政府畜牧獸醫主管部門責令限期改正；逾期未改正的，處3000元以上1萬元以下罰款：未按照規定在屠宰生產車間懸掛屠宰操作工藝流程圖和檢疫、檢驗工序位置圖的；未按照規定簽訂、保存畜禽委托屠宰協議的；未按照規定進行違禁藥物和非法添加物檢測記錄的。
禁止收購、屠宰染疫或者疑似染疫的、已經死亡的、注水或者注入其他物質的、尚在休藥期內或者含有違禁藥物和其他化合物的以及國家和省規定禁止屠宰的其他情形的畜禽。畜禽屠宰廠（場）違反上述規定，由縣級以上政府畜牧獸醫主管部門處5萬元以上10萬元以下罰款；個人違反上述規定，處3000元以上3萬元以下罰款。
單位或者個人對畜禽、畜禽產品注水或者注入其他物質，由縣級以上政府畜牧獸醫主管部門處5萬元以上10萬元以下罰款。單位或者個人為畜禽、畜禽產品注水或者注入其他物質提供場所的，處2萬元以上5萬元以下罰款。
縣級以上政府畜牧獸醫主管部門和其他有關部門違反本辦法，有下列情形之一的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予處分：未按照規定條件設置畜禽屠宰廠（場）的；未按照規定實施屠宰檢疫的；未依法履行監督管理職責的；其他濫用職權、徇私舞弊、玩忽職守的行為。
