由于牧原的2019年非公開發行股票募集資金尚未使用完畢、2021年公開發行可轉債的持續督導期至2022年末止，中信證券將承接招商證券未完成的持續督導工作。
中信證券已委派保薦代表人鄭浩宇、孫向威負責牧原業務。其中孫向威亦有農牧食品行業的保薦經歷，如其曾參與新希望乳業的IPO上市項目。
牧原股份2014年IPO時的保薦機構即為招商證券，算上前期的輔導，兩者的合作時間當在10年左右。其中僅IPO的承銷及保薦費就超過了6900萬元，加上此后2015年、2017年和2019年的非公開發行和2021年的可轉債發行，招商證券從牧原收取的融資項目承銷及保薦費合計達到了1.36億元。
兩者之間的“罅隙”則在2021年陡然走向了臺前。
2021年4月底，中國證監會發布了關于對牧原股份董事長秦英林采取監管談話措施的決定，同時決定對招商證券保薦代表人張燚、孫遠航采取出具警示函監管措施，原因均為在3月份有媒體對牧原部分財務指標和關聯交易等事項提出質疑、被深交所問詢并要求核查說明的情況下，仍向證監會提交了牧原股份啟動發行可轉債相關材料，并出具書面意見，表示牧原股份不存在影響發行上市和投資者判斷的重大事項。
為此，秦英林被要求于2021年5月11日攜帶有效身份證件到位于北京的中國證監會辦公室接受監管談話。這一處罰措施隨后被證監會公之于眾。
更為嚴重的事情發生在11月26日。當天上午，招商證券營業部客戶經理楊某在名為“招商證券交流群“的微信群中“提醒”持有牧原股份的群友注意風險，并稱牧原股份“涉及財務造假風險，應該很快就要暴雷。”
這在二級市場引發了強烈反應，牧原股價連日下挫，雖然在此之后，楊某在群里連發多條消息表示牧原股份的事為道聽途說，但這樣的解釋已于事無補。
牧原股份則在12月3日公開回應投資者問詢稱，公司已關注到招商證券工作人員楊某在股票交流群中發布的相關言論。但公司的生產經營和流動性都正常，不存在應披露而未披露的重大信息。“公司對該類行為表示強烈譴責，保留追究當事人法律責任的權利。”
招商證券亦在12月6日通過投資者關系平臺回應稱，楊某違反公司規定，擅自在微信群中發布關于牧原股份的無依據的消息，事后其已在微信群中做出澄清。公司已對該員工做出停職處理，并進行嚴肅問責。
牧原股份還表示，自2021年3月經歷較大輿情事件以來，已對自身媒體關系管理業務進行了反思，也開展了部分相關工作，但公司依然清晰認識到自身不足，下一步將繼續努力。
