杭州市農業科學研究院 （Hangzhou Academy of Agricultural Sciences）成立于2004年3月，是根據市委、市政府整合農業科技資源的要求，撤消原4個農口研究所，重新組建的綜合性農業科研、推廣機構，為市政府直屬事業單位。

　　杭州市農業科學研究院核定編制182人，現有職工中科技人員比例達到78%。全院下設水產所、蔬菜所、茶葉所、農作物（生態）所、生物技術所、園藝所、畜牧所、農產品加工所8個研究所、信息中心、實驗中心2個中心、黨政辦、科技處、綜合處3個管理處室和國家級三角魴原種場。其主要職能是：承擔農業開發性、應用性研究和開展農業先進適用技術的引進、示范和推廣任務，受委托開展農產品、農業投入品和產地環境的相關檢測工作。